Este é o órgão encarregado da gestão administrativa, financeira e patrimonial da FMH (Art.º 26.º, n.º 1 dos Estatutos da FMH). O Conselho de Gestão é composto por:
Presidente
- Professor Doutor Pedro José Madaleno Passos (30 de maio de 2025)
Vice-Presidente
- Professor Doutor António Paulo Pereira Ferreira
Diretora Executiva
- Mestre Luís Manuel Lameiro Santos
