Às áreas ou subáreas científicas que cumpram a limitação quantitativa mínima de 20 doutorados correspondem Departamentos. Às áreas ou subáreas científicas que não respeitem com menor número de doutorados correspondem Secções Autónomas.
Cada departamento é uma unidade organizacional que agrupa os docentes e investigadores daqueles domínios do conhecimento tendo como principal função a coordenação das respetivas áreas científicas.
A FMH dispõe de dois Departamentos:
A FMH dispõe ainda de duas Secções Autónomas, criadas pela especificidade científica destas áreas na nossa instituição: